O Japão foi unificado pela primeira vez no século VI pelo povo Yamato e logo empreendeu a conquista da península da Coreia no final do século. Nos séculos seguintes a competição por cargos no governo enfraqueceu gradativamente o domínio japonês sobre a Coreia até ao século VI. Em 552, o budismo foi introduzido no país trazido da Coreia e servindo como arma política contra o crescente poder dos sacerdotes, a religião tradicional, o xintoísmo debilitou-se, porém não desapareceu. As duas religiões se uniram, sob a égide do budismo. Após a morte do imperador Shotoku em 622 e um período de guerras civis, o Imperador Kōtoku deu início à reforma Taika que criaria um estado com poderes concentrados nas mãos de um imperador rodeado por uma burocracia, à semelhança da Dinastia Tang na China. Em 710 a capital japonesa foi transferida de Asuka para Nara, dando início a um novo período da história japonesa no qual a cultura e a tecnologia chinesa tiveram maior influência e o budismo se difundiu com a criação de templos por parte do imperador nas principais regiões
A acumulação de grandes extensões de terra em mãos de particulares possibilitou a ascensão dos administradores locais, os Daimyo. À medida que suas terras eram removidas das listas de impostos, aumentava a renda dessa classe social. Gradualmente, os administradores começaram a repelir a interferência de funcionários provinciais e centrais, e criaram forças próprias para manter a ordem em suas áreas. Assim, o século X foi de completa desordem. Os aristocratas de Kyoto não tinham poder algum para fazer cumprir as ordens fora da capital, já que os antigos exércitos haviam degenerado e os novos tinham-se tornado uma espécie de asilo onde os nobres bem relacionados ocupavam sinecuras. Em alguns lugares, o próprio povo armava-se para proteger-se. Os "oficiais de pacificação" designados pelo poder central pouco podiam fazer, pois não contavam com o apoio local. Acelerou-se a fragmentação do poder. Em 1156 uma disputa sucessória trouxe os guerreiros rurais para a capital, onde se estabeleceram.
As grandes ligas de guerreiros eram chefiadas por famílias que se consideravam de ascendência imperial. Era prática enviar os filhos mais novos do imperador ao campo, quando não havia mais lugar para eles na corte; por determinação dos códigos, deviam mudar de nome após seis gerações; assim, no século X, os guerreiros se afiliaram a duas grandes ligas, lideradas pelas famílias Minamoto e Taira, que se diziam imperiais. A luta irrompeu em Kyoto em 1156 e 1159. A primeira guerra - a da era Hogen - foi provocada por uma disputa sucessória, após a morte do imperador Toba, que tentou levar ao trono seu quarto filho Goshirakawa em vez de permitir que seu filho mais velho, Konoe, permanecesse como imperador. Venceram os partidários de Goshirakawa e os líderes da oposição foram executados. Goshirakawa reinou até 1158, quando se retirou, começando a segunda guerra
Mais tarde a capital seria novamente transferida para Heian-kio, a moderna Quioto, e dar-se-ia o rompimento entre o imperador Kammu e os monges budistas. A partir daí foi estabelecida a escrita japonesa e uma nova literatura. Foi nesse período de paz que surgiram a classe dos samurais como guardas da corte.Contudo as disputas surgidas entre os clãs guerreiros Taira no Kiyomori e Minamoto no Yoritomo levaram a uma nova guerra civil que só teve fim em 1185, com a ascensão de Minamoto. Este estabeleceria o governo do xogunato em Kamakura. Enquanto seguia as leis do governo imperial de Heian, o governo Kamakura foi executado por uma rede de samurais em todo o país que se comprometiam a manter a paz. Desde que o poder real era exercido localmente por xogum, os samurais foram capazes de assumir a terra dos ricos proprietários de terra aristocráticos (daimyo) e, portanto, levaram o governo imperial de Heian em Quioto a tornar-se ainda mais fraco. Um novo período de paz e enriquecimento econômico e cultural foi estabelecido até uma nova tentativa mal sucedida de restauração da autoridade imperial feita pelo Imperador Go-Daigo.
O surgimento dos daimyo de base local, enfraqueceu o xogunato e esse enfraquecimento levou a Guerra de Ōnin entre 1467 e 1477 entre os Kosokawa e os Yamana que deu fim ao xogunato. Sem uma autoridade central, os daimyos, agora com autoridade absoluta em seus domínios, deram início a um período de guerras que só terminaria entre 1550 e 1560 com a conquista dos demais domínios por Oda Nobunaga. Foi durante o século XVI que comerciantes e missionários portugueses chegaram ao Japão pela primeira vez, dando início a um intenso período de trocas culturais e comerciais. No Japão, os portugueses praticaram o comércio e a evangelização. Os missionários, principalmente os sacerdotes da Companhia de Jesus, levaram a cabo um intenso trabalho de missão e em cerca de 100 anos de presença portuguesa no Japão, em 1582 a comunidade cristã no país chegou a ascender a cerca de 150 mil cristãos no Japão e 200 igrejas. Neste período o Japão era uma sociedade feudal relativamente bem desenvolvida com tecnologia pré-industrial. O país era mais povoado do que qualquer país ocidental e tinha, no século XVI, cerca de 26 milhões de habitantes. Toyotomi Hideyoshi deu continuidade ao governo de Nobunaga e unificou o país em 1590. Depois da morte de Hideyoshi, o regente Tokugawa Ieyasu aproveitou-se de sua posição para ganhar apoio político e militar. Quando a oposição deu início a uma guerra, ele a venceu em 1603 na Batalha de Sekigahara. Tokugawa fundou um novo xogunato com capital em Edo e expulsou os portugueses e restantes estrangeiros, dando início à perseguição dos católicos no país, tidos como subversivos, com uma política conhecida como sakoku. A perseguição aos cristãos japoneses fez parte desta política, levando esta comunidade à conversão forçada ou mesmo à morte, como é o caso dos 26 Mártires do Japão.
No século XVI ainda perdurava a desordem e a desfragmentação no Japão, que chegou a ter, de 1335 a 1392, duas cortes imperiais. Mas, ao final do século XVI, alcançara substancial unificação, ou pelo menos a pacificação. Isso foi obra de três grandes generais: Oda Nobunaga, Toyotomi Hideyoshi e Tokugawa Ieyasu. Homens de grande capacidade militar criaram uma base estável para o exercíto da administração Tokugawa, que durou até 1867.
Do século XVII ao século XIX, o Japão permaneceu isolado do resto do mundo. O país passava por uma política de isolamento chamada Sakoku ("País fechado")(Parecido grosseiramente com a Coréia do Norte de hoje, "ninguém saía, ninguém entrava"). Durante esse tempo foi governado pelo clã Tokugawa. Devido a esse isolamento, o Japão não se industrializou junto com o resto do mundo e permaneceu na sociedade feudal do regime de Xogunato.(Ver Xogunato Tokugawa). Nesse período, a capital era Edo, a Tóquio de hoje. (Período Edo é o período que vai de 1603 a 1867, que caracteriza o governo Tokugawa